自然是激起了粤军上下的愤怒。在同仇敌忾的气氛下，粤军杨部遂与第二师第四旅李云复部之第七团会合围攻总统府。孙军除卫士队外，还有陈可钰的警卫团一团，约千余人。
就在这片原本景秀丽的街区，孙陈两军激战，相持良久。为了尽快结束战事，平定广州城内的乱局，粤军只好开炮助攻。
到了白昼的上午十点，在粤军的强大攻势之下，孙军最终不敌，这才真正的愿意缴械投降。晚上八点，粤军司令钟景堂向叶举所在的总部电报军情。起内容包括了孙系北伐军已悉数缴械；总统府关闭铁闸不肯开，粤军已将总统府包围，并在观音山开炮三响作为恐吓之意；虎门全境已完全收复，洲堂经派三营往收复；另派兵三营进驻河南；还有孙逸仙任命的财政部廖仲恺已经被关押在石龙。
这场总统府之战，计孙系北伐军死伤十余人，而粤军死伤则在三四十人左右，平民为流弹所伤者亦有二、三人。可见战事其实并不激烈，如果说是动真格的，孙逸仙能不能跑掉站且不提，在大军的重重包围之下，陈可钰等人定是死无葬身之地的。
平定局势的过程中，粤军军纪严肃，而叶举所最顾虑的，却是孙逸仙在广州市内所招募的民军，唯恐这些有着不良记录的匪兵趁机扰乱民间。在此之前，孙逸仙任命姚雨平为大本营游击司令，大量招募土匪，编为民军，以供调往韶关作为襄助北伐的后劲。
姚雨平在广州市内设置了四十二所募兵机关，叶举早已注意到了这一点，所以6月16日的微晨，便命令粤军的第一步军事行动，就是把这些散在广州市各处的民军缴械解散。
同时，第三师师魏邦平本人虽声言守中立，但其部属旅陈章甫则协助维持地方秩序，由各部队混合组织粤军联合巡查队，陈章甫任指挥官。在把总统府守军缴械后，即开始有序的分布于市内各地，竭力维持治安。还派军车巡游街道，悬挂着“匪徒抢掠，就地枪决”等标语。
这一番举措，使得广州城很快便从混乱的局面中平静了下来恢复了往昔的火力。
孙中山于十六日微晨登楚豫舰后，即率舰队绕道集中于黄埔，此时的孙逸仙，早就被愤怒和屈辱冲昏了头脑。叶举此举，无疑是对军政府大总统、党总裁、辛亥之“国父”的极端藐视。
他不顾周围海军将官的劝谏，执意要下令要使用开花弹向居民区开炮，还要求以机关炮进行扫射
当孙中山于十六日下令海军开炮时，身为舰的温树德意颇犹豫。此人曾就读于英国皇家海军校，受到的是最正统的军事教育。况且岸上都是自己国家的平民，他实在是不忍心以炮火相
而且各舰舰也都不愿开炮，但他们都被孙系人马严密监视，起中更有党徒声称：“天大事情，由总统负责。”舰上军官被水手以手枪威胁，强迫向堤岸上市区开炮，这些水手是孙中山前在海员公会招募上船的。
在性命受到威胁的情况下，各舰自然是无话可说，只得向空乱轰一阵，因为有意的避开了民房稠密的地方，故而毁坏的地方较少。
就在这个1922年6月17日的上午，孙逸仙亲率永丰等七舰由黄埔出动，于中午过后一点半钟，在粤省大河海珠天字码头，士敏土厂前各处开炮轰击，又向白云山，观音山，大沙头的广九车站，沙河等处进行了覆盖性射击。
在两个小时内，先后发炮达六十余响，才总算是暂时停止。下午五点，却又重新开炮直到黄昏时候的起点左右，舰队才归队退却。两次炮轰，炮声前后将及百响，子弹横飞散堕下，伤人毁物，不知凡几。
这种轰动性的新闻，当然是被各大报章指摘唾骂，海珠前两岸都是商店居民繁密的地区，开炮时，附近居民纷纷喊救，行人不幸罹弹死者十余人，而东提一带，除东亚酒店外，无一铺户不受损毁。
就以冠月茶楼为例，整栋房屋被炸毁，死伤将近三十余人。河南，观音山，沙河，大沙头附近一带民房，亦受糜烂，而以河南东部的房屋，受到损毁最大。这两次炮轰，房屋损失估计总共不下五百万元。平民死伤，实数无统计，但据一般估计，总在百人以上
双方在这里都打出了真火叶举炮轰了总统府，而孙逸仙也不甘示弱，炮轰广州城至此，东南的局面再也不复平静，陈孙之间的矛盾，再无回转的余地。。.。
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