次申请撤离或增援无果后，日本大本营甚至通过马尼拉的电台命令莱特岛上的战场指挥官们“继续执行任务，直到弹药耗尽。如果你们的手臂断了，用你们的牙齿。如果已经停止了呼吸，用你们的灵魂战斗。缺乏武器不是理由。”
在接到这份命令之后，几名最后的日军高级军官当天就找了个水不错的地方剖腹自杀了，只留下了茫然不知所措的剩余日军士兵继续在茫茫的原始森林中挣扎着。
留在莱特岛上的日军，特别是第八十八师团和后面运送上去的三个师团，这几支日本部队在经历过前期的大战斗之后，被打散的很多残部都跟着八十八师团的老兵们退入了原始森林中去，据战后的资料估计，约有超过三万日本残兵退入了原始山林。
这些鬼子没有增援，没有后援，没有粮食，没有弹药，没有医药，有的只能是退入原始山林前身上所携带的枪支和弹药，在严酷的原始森林环境中，头一周便因受伤、病死的日军士兵高达一万以上。其中这些死亡的士兵多半是之前的战斗中受伤，进入原始森林后无法能够得到及时有效的质量，再加上恶劣环境所导致伤口感染所死亡的。
进入到后期，和美军同样的环境病更是让日军残余部队痛不欲生，据幸存的日军回忆，登革热和烂脚病是最常见的病症。
登革热这种病症多是由蚊子传播，如果注意一点的话还是有可能尽量的避免尽量扎紧你的衣裤减少皮肤暴露面积虽然是个笨办法，但总好过脱的光光的等着来叮血吧。
但是烂脚病就不是那么好预防的了，而且很多时候，随处可见必须通过的烂泥就是在让自己的脚往疾病中踩去，这些烂泥和被不知名的污物浸泡多时的地方，就有可能让自己的脚沾染上烂脚病。
当时患上登革热、烂脚病的日军士兵，就等于被宣判了死刑。登革热的病起病急骤，高热，全身肌肉、骨髓及关节痛，极度疲乏，部分患可有皮疹、出血倾向和淋巴结肿大。在短短几天内就会造成死亡。
而患上烂脚病的日军士兵更加痛苦，逐渐会出现脚痒、脚烂、红肿、疼痛难忍的现象。没有医药治疗之下，这些地方会逐渐的蔓延至整个脚步，皮肤发红、肿胀、丘疹、水疱、甚至糜烂。
患病的士兵自觉瘙痒、灼热、疼痛而忍不住去抓挠，这更增加了病菌的蔓延，甚至会蔓延到手部。失去了手脚工作能力的士兵下场会如何？
无法能够作战的情况下日本军曹们不会再带着只会消耗粮食的废品。而且留下这些士兵很容易在条件恶劣的情况下再次进行交叉感染，什么留在宿营地煮饭洗衣服的废话根本不用说，谁会穿你满是疮痍溃烂的手洗过的衣服，吃流着脓的手煮出来的东西？
除了登革热、烂脚病之外，“回归热”更是热带丛林中最可怕的一种疾病。患者周期性地持续高烧，初次发烧一般七天，又歇七天；然后第二次发烧五六天，又间歇五六天；再第三次发烧，周而复始，将得病的日本士兵折磨得死去活来。
同时间歇时间越来越短，发烧越来越频繁，故名“回归热”。不知有多少日军被“回归热”反复折磨，熬干气血，在已无人形时悲惨地死去。
而在以上这几项大伤害之外，饥饿，是更大的敌人。
由于没有食品的补给，日军士兵只能终日从原始深林中获取食物，渗入丛林的几万日军官兵，成为与丛林中的动物竞食的一股可怕力量。他们似一群大蝗虫，所过之处，树皮、草根皆遭殃，飞禽走兽纷纷落荒而逃。
除此之外，伏击美军小队从对方尸体上获取粮食也是一件不错的勾当，在刚开始之初，日本鬼子的偷袭还能得手。
当美军逐渐适应这种战术之后，虽然还不能无法彻底阻止对方和能完全有效的预防，但大量美军以排为最小作战单位出动也让日军无法在击毙对方后前去打扫战场。
最重要的是日军弹药越打越少，在逐渐失去了弹药的补给和缴获对方武器弹药之后，日军开始暴露出自身丑陋的本性，将目光集中到了自己已经死去的士兵尸体身上！
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