耿精忠造反之初，手下曾有人提出等局势更明朗时再动手不迟。可耿精忠觉得现在清廷尚未布置妥当，此时动手方可打他个措手不及。耿精忠力排众议于康熙十三年三月在福建起事。他派大将曾养性攻温州，大将马九玉攻衢州，大将白显忠攻江西广信。耿军所到之处归降如云，各地军民纷纷响应，浙江归附耿军者达二十万人，江西归附者十万之众。但随着时间的推移，耿军缺粮少用，指挥混乱的弊病就暴露出来了。各地耿军人数虽多，可都是自顾自。加上福建耿军也是仓促上阵，所以没有应付复杂局面的有效措施，所以在清军在浙江前线不断增兵的情况下，清军渐渐掌握了主动。经过不到一年的战斗，耿军前线一片混乱。见浙江局面危机，为了解脱困境，耿精忠与吴三桂商议共同合击江西，将福建与湖南的叛乱区联起来。这里耿精忠派出大将白显忠率数万人马进攻江西，开始还一切顺利，白显忠先后占领了江西靠着福建的广信、建昌、饶州各郡，眼看就要与吴军接上。可恰逢安亲王岳乐带领五万满清大兵赶到江西，几十门红衣大炮对着广信城一阵猛轰，耿军装备本就简陋，只是靠着人多势众一时得胜。如今遇上朝廷大兵，特别那大炮厉害，一群乌合之众如何能挡，白显忠抵挡不住，一路狂奔，一直跑回了福建。回来以后，耿军吸取教训，开始稳扎稳打，白显忠在江西边界固守，曾养性守住温州，马九玉守住衢州，在浙江与清军展开激战。
而这时浙江有清康亲王杰书六万满州兵，浙江总督李之芳率五万绿营兵。在浙江的战事，清廷逐渐取的了优势。而此时耿军吸取前次江西之败的教训，以主力各四万人坚守衢州和温州。李之芳在衢州，杰书在金华与耿军对垒，虽然战事激烈，究竟清军势大一些，还是清军胜多负少。只是耿军这时多是采取守势，清军一时也不易得手，双方战了数月，局面竟是无甚变化。康熙见杰书作战有些畏缩，将杰书降爵一级，并要求杰书立即开始向福建进攻。康熙十四年底，杰书会同贝子傅喇塔率八万清兵围攻温州，曾养性和温州总兵祖宏勋力拒之，又激战四个月不见分晓。而衢州方面李之芳的浙江绿营也无法取胜马九玉，清廷屡屡指责他们作战不力。正在这时吴三桂要求耿精忠合谋广东，耿指使潮州总兵刘进忠与台湾郑经合力进攻广东，而耿精忠再次出兵江西，占领广信、建昌等地，以阻止江西清兵增援广东。
浙江总督李之芳见衢州耿军被调走不少，马九玉兵力不足，同时耿军进攻广东，浙江耿军少了后援，逐建议杰书合兵共图衢州。杰书附议，逐与傅喇塔舍了温州，与李之芳共同督兵十一万围攻衢州。这时马九玉率兵三万守住衢州要地九龙山，另派万人守粮道大溪滩。李之芳三人见此情形，逐到前方细细查看，看到耿军咽喉乃使粮道，心生一计，这就与杰书、傅喇塔如此这般的商议了一番，三人这就各自行事。由贝子傅喇塔率精骑两万偷袭大溪滩，大溪滩耿军迎战之。傅喇塔的满洲精骑已经过年余征战，凶悍秉性渐渐恢复，加上这时与耿军作战，士气、装备都已占了上风。耿军营里竟让满洲铁骑一击而破，那健马在耿军人群中冲撞起来，钢刀四下翻飞着十分凶猛，耿军伤亡惨重，眼看大溪滩危矣！
这里马九玉听说粮道被劫，忙领兵下山去救，不想半路上被杰书、李之芳率部杀出。马九玉知道大溪滩重要，可不知道清军就是要半路围杀他，他还硬撑着要应敌。渐渐的清军四围上来，耿军主力被包围。两军对垒，双方都是精锐部队，又都是数年的对手，仇人想见分外眼红。各自也都使出浑身解数：这边刀劈斧砍，那边剑回枪刺；到处是皮开肉绽，望眼处臂断腿折；天空中烟尘飞舞，炮响起四肢横飞；漫天季喊杀震天，耳听起鬼哭狼嚎。这几万人战在一起的场面实在是巍巍壮观。终究清兵人数占优，加上火力强大的火炮，将那耿军渐渐围堵起来箭射炮轰，耿军伤亡巨大。到最后清兵越来越多，耿兵越来越少。马九玉见势不妙，只得丢了衢州，带领亲信杀出重围向福建仓皇逃跑。当马久玉回到福建时，点起跟着的手下只剩下数十人了。九龙山一战耿军被歼的就达到三万，耿精忠的精锐部队在此仗中被消灭了大半，这一仗也是东南战场的转折点。
大胜后，杰书立即向朝廷报捷。康熙大喜过望，前方将士各有嘉奖，又命李之芳前去攻打温州，杰书去攻仙霞关。这时西线耿军已被消灭殆尽，杰书开始向福建进发。恰又闻陕西王辅臣投降清军并官复原职，耿军众人开始各打主意。先是李之芳军中一个谋士说与白显忠的手下相熟，愿意到他军中劝其投降。他到了耿军中见到白显忠说明了来意，白显忠两次进入江西都被打的大败而归，知道清军大炮厉害，加上马九玉大败，王辅臣投降等事件的影响，白显忠也就顺势降了清廷。过后白显忠又去说服曾养性，曾养性也是无可奈何的投降了。这样浙江全境叛乱被平息。
而这时的耿精忠正处于内忧外患之中，前方战败的消息不断传过来，由于衢州、温州的耿军相继被消灭，实际上耿精忠已经没有多少兵力来保卫福建了。仙霞关守将见杰书势大，降了就可保命，逐率部下出关投降。仙霞关被清军顺利拿下，清军进入福建已
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